明真ではカテーテルが治療の主流となりつつあり、カテーテル医が急増。伊集院登（小池徹平）や木原毅彦（池田鉄洋）ら外科医が、内科医に代わって当直まで引き受けなくてはならない状況になっていた。そんな状況を目の当たりにして、加藤晶（稲森いずみ）は焦りを隠せない。一方、エレベーターで居合わせた朝田龍太郎（坂口憲二）と黒木慶次郎（遠藤憲一）。明真に戻ってきた理由を問われた朝田は仲間に呼ばれたからだと答えるが、黒木は失笑。それが弱さになると告げて去って行く。
ある日、鬼頭学長（夏木マリ）に呼び出された加藤は、医療版ミュシュランとも言われるＩＭＡ取得のため、世界の心臓外科医トップ５を招いてライブデモンストレーションを行うことを告げられる。挽回のチャンスとばかりに朝田にオペをさせると言う加藤だが、野口賢雄（岸部一徳）にオペを行うのは黒木だと遮られてしまう。
伊集院が診察した15歳の少女・山内遥（金澤美穂）が大動脈弁置換のオペが必要なことがわかった。カテーテルでは不可能なそのオペを、加藤は最高難度のロス手術で行い、それをライブデモンストレーションするよう鬼頭に直訴。鬼頭もそれを承諾した。怒りを露わにする野口と黒木。
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朝田龍太郎（坂口憲二）たちが3時間以上かかったオペを、内科医の黒木慶次郎（遠藤憲一）はわずか45分で終わらせてしまった。黒木は、野口賢雄（岸部一徳）がアメリカから呼び寄せたカテーテル治療のスペシャリストだった。
野口は鬼頭学長（夏木マリ）と加藤晶（稲森いずみ）を前に、カテーテル部門の強化と外国の富裕層をターゲットとしたメディカルツーリズムを推進する明真の改革案を提出。カテーテル治療が進めば外科医は必要なくなるという野口の言葉に苛立ちを隠せない加藤。荒瀬門次（阿部サダヲ）の治療でカテーテル治療のメリットと黒木の技術の高さを目の当たりにした伊集院登（小池徹平）もまた不安を募らせていた。そんな中、明真に入院中の父親の見舞いに来ていた根岸紗江（松下奈緒）が突然倒れた。検査の結果、重度の心房中隔欠損症が原因で心不全を起こしたことが判明。加藤は早急なオペが必要と診断、やる気をみせる伊集院をさえぎり朝田に執刀を依頼した。
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“医龍”こと朝田龍太郎（坂口憲二）が、明真大学付属病院を去ってから数年――。
明真はかつての野口賢雄（岸部一徳）のスキャンダルで患者が激減、外科医レベルの低下で訴訟が絶えないなど信用は地に落ちていた。新学長となった鬼頭笙子（夏木マリ）は記者会見で教育・臨床・研究を柱に明真の再建を目指すと宣言する。同じ頃、アメリカでは加藤晶（稲森いずみ）が幼い少女の心臓移植を成功させ、外国人教授たちを驚愕させていた。そして、とある戦地では朝田が爆撃により負傷した女性の治療にあたっていた。
明真のＥＲにバイク事故により川に放り出された患者が運び込まれてきた。すぐにオペに入る伊集院登（小池徹平）と木原毅彦（池田鉄洋）だが、手のくだしようのない状況に諦めて閉胸しようとしたその時、オペ室に朝田が現れた。朝田はオペ続行を告げ、見事な手腕で成功させる。見学室では、その一部始終を鬼頭と加藤が見つめていた。さらに鬼頭は藤吉圭介（佐々木蔵之介）が勤める病院を訪れ、明真に戻り再生医療研究を完成させるよう説得。明真でチームドラゴンの復活が噂される中、荒瀬門次（阿部サダヲ）は、１年前に執刀医のミスにより患者を死なせてしまった事件以来、オペには入らなくなっていた。
藤吉の依頼で、明真に17歳の菅谷有希奈（桜庭ななみ）が転院してきた。有希奈は極めて珍しい心臓の病気で、どこの病院でも外科的治療は不可能と診断されていた。新しく来た研修医・真柄冬実（谷村美月）の指導医となった伊集院は、冬実を連れて有希奈の元へ治療方針の説明に行くが、有希奈の「治るんだよね？」という問いに答えることができず目をそらしてしまう。手術日が決まり、有希奈にオペの説明を行う際、朝田が成功の確率は70％と告げたことに驚き、断言したことで訴訟でも起こされたらと不安を募らせる伊集院。しかし朝田は医者と患者を結びつけるのは同意書ではなく信頼だと言い切る。
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年の瀬が迫る12月…。派遣 OL の 一条春生 (菅野美穂) は折からの不景気で、突然派遣先の会社をクビになってしまう。そんな矢先、春生は以前、キャバクラ嬢をしていた頃の仲間だった 和辻摩子 (谷村美月) から、正月、北海道にある和辻家の別荘で一緒に過ごさないかとの誘いの手紙を受け取る。仕事がクビになったうえ、昔から男にだらしがない母と、頼りない恋人・健治 (宮藤官九郎) に囲まれた生活にうんざりしていた春生は、金持ちの別荘で過ごすという招待に飛びつく。
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